GeoGet umožňuje ke každému bodu spravovat i přidružené waypointy. Tyto je možné libovolně přidávat, měnit a mazat. Ke stejným možnostem se dostanete po kliknutí pravým tlačítkem myši na bod, nebo waypoint v seznamu.

Při vytváření waypointu lze zadat následující údaje:

• Název - Libovolný název waypointu
• Druh - Zde lze vybrat druh waypointu, zda se jedná o Parkoviště, Zastávku multikeše, nebo Finální waypoint právě vyřešené mysterky.
• Prefix - Prefix musí být pro každý waypoint (v rámci jednoho bodu) unikátní. Standardně se nabídne FI pro finální waypoint.
• Cmt. - Komentář k waypointu, většinou zde bývá popis u zastávek multin, co budeme zjišťovat.
• Nepřepisovat při importu - Standardně GeoGet rozlišuje ručně přidané waypointy od těch importovaných. Ručně přidané jsou nedotknutelné importem, takže například o finální waypoint nepřijdete, v případě, že tuto volbu odškrtnete, bude se waypoint tvářit jako importovaný a tudíž ho GeoGet při dalším importu bodu přepíše (pokud bude mít stejný prefix).
• Poznámka - Libovolná poznámka v rámci GeoGetu (Pokud ji budete chtít exportovat, skript toto musí podporovat)
• Geografické souřadnice - Souřadnice zadané v libovolném formátu. Stačí mít ve schránce souřadnice v libovolném formátu a stisknout tlačítko Vložit a ony se samy převedou a vyplní. Zajímavou možností je využití projekce, kdy víme že finálku musíme hledat ve vzdálenosti 80m pod azimutem 127°. Poslední možností je využití funkce Geocoding, kdy stačí zadat třeba adresu místa. Vždy poté stiskněte tlačítko Zapsat a případně kliknutím na ikonku glóbusu proveďte kontrolu na mapě.

Klávesovou zkratkou Ctrl+S se okno úprav waypointu uloží a zavře.^2.7.7

Popis změn waypointu je shodný s přidáváním popsaným výše.

Trvale odstraní vybraný waypoint z databáze.